Verrast door het uitbreken van de oorlog verloor Ackermans & van Haaren verschillende schepen in Polen, twee baggerschepen zonken in de haven van Hel en een klepperbak in Gdynia. Société Générale de Dragage (SGD), de baggerdivisie van CFE, werd met gelijkaardige zware uitdagingen geconfronteerd. Beide bedrijven zouden hun baggeractiviteiten later bundelen in Dredging International in 1974, wat de basis legde voor het latere DEME bij de oprichting in 1991. Tijdens het conflict liep het schip Loire aan de grond in Vlissingen, terwijl andere schepen werden gebombardeerd door Duitse vliegtuigen toen ze probeerden te vluchten naar Duinkerke. Van de gezonken schepen Semois I, Samber I en Schelde werd uiteindelijk enkel de Schelde geborgen.

De evacuatie van de baggervloot van Baggerwerken Decloedt, een ander bedrijf dat later deel zou uitmaken van DEME, verliep eveneens bijzonder moeilijk door de zware oorlogsomstandigheden. Op 18 mei 1940 vertrokken twee konvooien uit Oostende en Zeebrugge. Slechts één schip, Vlaanderen IX, bereikte Groot‑Brittannië, waar het tijdens de oorlog werd ingezet als brandbestrijdingsschip. Andere baggerschepen zochten hun toevlucht in veilige havens om aanvallen van Duitse Stuka’s te vermijden, die op hun beurt werden bestookt door Britse Spitfires. Archiefbeelden tonen hoe de cutterzuiger L’Yproise in de haven lag tussen een kleine emmerbaggermachine en de hopperzuigers Vlaanderen IV en Vlaanderen V. Tijdens de terugtocht voor de Duitse inval werd de Vlaanderen IV in mei 1940 zwaar beschadigd. Met vluchtelingen aan boord liep het schip uiteindelijk vast op het strand van Calais.