Tijdens de moeilijke jaren van de bezetting zetten de oprichters van DEME hun activiteiten in België voort via een reeks kleinschalige maar essentiële werken, voornamelijk langs de Schelde en de Rupel. Ondanks de beperkte omstandigheden, met een sterk gereduceerde vloot en beperkte middelen, bleef het bedrijf actief ter ondersteuning van de lokale industrie en infrastructuur.

Tussen december 1941 en januari 1943 voerden de oprichters een reeks gerichte opdrachten uit voor de Boelwerf in Temse. Met inzet van de emmerbaggermolen Rupel en de hopperzuiger Élévateur II realiseerden de teams cruciale oeverwerken, bouwden zij een nieuwe dijk, voerden zij zand aan en verhoogden zij de lokale toegangsweg met 3,5 meter. Deze technische ingrepen zorgden ervoor dat essentiële maritieme infrastructuur operationeel bleef tijdens een periode van zware economische beperkingen.

Een van de weinige schepen die tijdens de oorlog op de Schelde operationeel bleef, was de Yperlee van SGD. De bemanning beschermde zich tegen zeemijnen en bombardementen door zandzakken op het dek te plaatsen. Tegelijkertijd bleef de groep, ondanks de oorlogsomstandigheden, via haar internationale netwerk betrokken bij belangrijke maritieme infrastructuurprojecten in het buitenland. Zo werden bagger- en rotsverwijderingswerken uitgevoerd voor de Royal Navy in Gibraltar, en was er een groot militair contract in Cherbourg, dat uiteindelijk werd stopgezet als gevolg van bombardementen. Hoewel de activiteiten in eigen land vaak beperkt waren in omvang en voortdurend onder druk stonden, zorgden deze technisch veeleisende werken voor continuïteit, behield het bedrijf zijn cruciale expertise en bleef het operationeel in een van de meest uitdagende periodes uit zijn geschiedenis. De voortzetting van deze werkzaamheden tijdens de oorlogsjaren toont een bepalend kenmerk dat vandaag nog steeds centraal staat bij DEME: het vermogen om complexe projecten te realiseren onder druk en in onzekere omstandigheden. Zelfs in een periode die gekenmerkt werd door grote ontwrichting en conflict, gingen maritieme ingenieursactiviteiten door, ondersteunden zij essentiële infrastructuur en legden zij de basis voor verdere ontwikkeling.